Einem MyCoRe-Metadaten-Objekt wie z. B. einer Publikation sind in der Regel auch Dateien zugeordnet, z. B. der Volltext der Publikation. MyCoRe speichert diese Dateien in einer eigenen, internen Struktur, dem internen Dateisystem (IFS).
Hierzu sind einem MyCoRe-Objekt ein oder mehrere Dateibereiche zugeordnet, intern "Derivate" genannt. Derivate sind Bündel von zusammengehörigen Dateien, die auch eine interne Verzeichnisstruktur besitzen dürfen. So können z.B. Varianten eines Dokumentes in PDF- und HTML-Form existieren, die jeweils ein Derivat mit ein oder mehreren Dateien bilden.
Neben den Datei-Inhalten werden auch weitere beschreibende Daten zu Dateien verwaltet, insbesondere eine MD5 Prüfsumme zur Konsistenzprüfung. Als physisches Speichermedium dient ein separater Bereich im lokalen Dateisystem, auf den der Browser des Anwenders nur indirekt über Java Servlets zugreift. So kann die Anwendung sicherstellen, dass Zugriffsberechtigungen nicht umgangen werden. Neben dem lokalen Dateisystem unterstützt MyCoRe über das Apache Commons Virtual Fileystems auch direkt die Speicherung auf entfernten Dateisystemen via FTP, SFTP oder CIFS.
MyCoRe kann mehrere solcher Speicherorte für Dateien (Content Stores) parallel verwenden. Anhand von Regeln wird für die importierte Datei ein entsprechender Content Store gewählt. So können etwa Audio-/Videodateien anhand ihrer Dateiendung automatisch beim Upload auf einem Video-Streaming-Server abgelegt werden.
Import und Export von Dateien und Dateibereichen ist sowohl über die MyCoRe-Kommandozeile (Command Line Interface) für Batch-Verarbeitung, als auch über die Web-Schnittstelle möglich. Einfache Dateien laden Autoren direkt über ein HTML-Formular hoch. Für den Upload großer Dateien mit bis zu mehreren Gigabyte oder ganzer Verzeichnisbäume steht ein Java Applet zur Verfügung. Die so importierte Verzeichnisstruktur bleibt im internen Derivat erhalten, so dass auch umfangreiche HTML-Bäume archiviert und dargestellt werden können.
Über ein Servlet werden Dateien und Verzeichnisse im Browser angezeigt und ausgeliefert. Dabei ist auch die dynamische Generierung einer ZIP-Datei möglich.
MyCoRe unterstützt den Metadata Encoding and Transmission Standard (METS) zur Strukturierung von Digitalisaten in Dateibereichen. Über den integrierten METS-Editor können die Dateien eines Digitalisats in eine logische Struktur gebracht und paginiert werden. Die METS-Datei wird auch vom Image Viewer verwendet, um durch ein Digitalisat zu blättern und ein Inhaltsverzeichnis anzuzeigen.
Das über MyCoRe erstellte METS Dokument ist auch kompatibel zum DFG-Viewer, über den Digitalisate so alternativ dargestellt werden können.
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